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刘若愚
副教授
海洋学院
行政职务：
技术职称：
副教授
最后学位：
理学博士学位
电    话：
18789095206
电子邮箱：
liuruoyu13@mails.ucas.ac.cn
办公地点：
109办公室
通讯地址：
福州市仓山区上下店路15号
邮    编：
350002

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  • 刘若愚, 男，安徽宿松人，1990年8月生，中共党员, 博士, 中国海洋研究委员会青年委员会委员，中国科学院院长奖获得者,

    福建省高层次引进人才，福建省委组织部引进生，福建农林大学国家“四青”百人攀登计划人选，院研究生党支部书记。

    主持国家自然科学青年基金1项，福建省面上基金1项，福建省委组织部引进生科研启动经费1项，福建省/市科技特派员3项。联合申报国家自然科学面上基金1项，校学科交叉项目子课题1项。科技骨干参与国家重点研发计划1项。

    发布首个北极中间弧线鳚基因组，首个深海冷泉腹足类基因组，第一个原位固定深渊海参转录组，以及首次鉴定新物种(海槽海葵)同步发布其高质量基因组，探讨深渊狮子鱼的深海适应性分子机制发现肠道共生菌可能参与其高静水压力适应性，原创性的提出深海大型动物分子趋同演化的观点。开发自研AI模型BERT-DomainAFP预测极地鱼类基因组抗冻蛋白。构建首个变形假单胞菌基因组数据库（https://pplecoglossicida.fafu.edu.cn）。探索过海藻养殖及亲缘地理演化历史。先后发表论文20余篇，其中以一作/通讯作者发表论文在Scientific Data、iscience、PLOS Genetics、Genome Biology and Evolution和Journal of Oceanology and Limnology等学术期刊上，申请专利4项，授权软件著作权4个。

  • 教育经历

    2017.09 - 2020.09，中国科学院深海科学与工程研究所，海洋生物学，博士，导师：张海滨 研究员生物信息学 海洋生物生态与进化方向。

    2013.09 - 2016.07，中国科学院海洋研究所，海洋生物学，硕士，导师：段德麟、胡自民 研究员 亲缘地理学方向。

    2008.09 - 2012.07，海南大学海洋学院，海洋科学，学士。


  • 工作经历

    2023.01 -至今，中国海洋研究委员会青年委员委员

    2020.11 -至今，福建农林大学，海洋学院，海水养殖生物育种全国重点实验室，副教授

    2016.09 - 2017.08，中国热带农业科学院热带生物技术研究所，研究实习员


  • 荣誉及奖励

    2020年 中国科学院院长优秀奖。

    2021年 福建省高层次引进人才C类。

    2018年 “深海勇士”号试验性应用科考航次TS07-04航段南海西沙科考作业“先进工作者”。

  • 教学活动

    指导学生获奖立项 

    1.FAFUXMPC20230718001-00328大黄鱼变形假单胞菌hemK致病机制研究未结题已立项2023年校级创新训练项目。

    2.FAFUXMPC20230718001-00310构建变形假单胞菌数据库未结题已立项2023年校级创新训练项目。

    3.FAFUXMPC20240507002-00020变形假单胞菌使大黄鱼致病型与非致病型菌株鉴定工具的开发研究2024年校级创新训练项目。

    4.带领2022年、2023年大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践活动，带领团队——赴福建光泽县、 平潭综合实验区等地开展

    “闽巅探党源 海坛寻印象” 暑期社会实践队获福建农林大学社会实践优秀团队，本人获得福建农林大学社会实践先进工作者，

    培养的22级海科2班本科生黄晞越同学获评福建农林大学社会实践先进个人，其撰写的黄晞越 《追寻足迹探思想之源， 投身

    基层促乡村发展》获评福建农林大学社会实践优秀感悟，《关于光泽县、 平潭综合实验区红色精神探源之路以及海洋相关产

    业乡村振兴实践的调查研究》获评福建农林大学社会实践优秀调研报告。

    5.指导本科生福建省互联网+创新创业大赛铜奖1项。

    6.指导本科生福建农林大学“马克思主义能够给予我们什么”大学生主题征文活动，获得一等奖。

    7.指导研究生福建省大学生创新大赛（2024）高教主赛道省金奖1项。“红旅”赛道省铜奖1项。

    8.研究生在中国研究生乡村振兴科技强农+创新大赛 “集美杯” 第三届渔菁英挑战赛中荣获团体奖。

    9.成立福建农林大学标本协会，在2024年“青春志愿，爱在农林”学生社区公益服务项目大赛获二等奖。


    • 研究领域

    长期从事海洋生物信息学领域的学习研究，曾参加中国近海和深海航次，在 “深海勇士号”载人深潜器南海西沙科考中获评 “先进工作者”。发布首个北极中间弧线鳚基因组，首个深海冷泉腹足类基因组，第一个原位固定深渊海参转录组，以及首次鉴定新物种(海槽海葵)同步发布其高质量基因组，探讨深渊狮子鱼的深海适应性分子机制发现肠道共生菌可能参与其高静水压力适应性，原创性的提出深海大型动物分子趋同演化的观点，获得中国科学院院长奖优秀奖。曾开发自研AI模型BERT-DomainAFP预测极地鱼类基因组抗冻蛋白，构建首个变形假单胞菌基因组数据库，探索过海藻养殖及亲缘地理演化历史。

    当前主要研究方向：

    （1）深海、南极和北极等极端海洋环境的生物适应与进化。

    （2）大黄鱼、变形假单胞菌等养殖水体的生物基因组学与病害防治。


    开授课程

    《海洋生物学》、《生物信息学》、《深海动物视界》、《极地海洋视界》等。

    科研项目

    1.国家自然科学基金会, 青年科学基金项目, 32202995, 2023-01至2025-12, 30万元, 在研, 主持。

     “大黄鱼变形假单胞菌六型分泌系统(T6SS)效应蛋白SmpB的致病机制研究”。

    2.国家自然科学基金会, 面上基金项目, 42276247, 2023-01至2026-12, 56万元, 在研, 联合申报 (总经费56万，承担11.2 万元)。

     “中北冰洋鱼类多样性及其生境选择与适应性演化研究”。

    3.福建省科技厅, 福建省自然科学基金面上项目2022J01135, 2022-08-01至2025-08-01, 10万元, 在研, 主持。

     “宁德大黄鱼致病菌变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)低温致病机制研究”。

    4.中华人民共和国科学技术部, “十四五”国家重点研发计划项目, 2022YFD2401000，2023-1至2027-12, 3670万，在研，项目骨干(30 万元)。

     “高抗优质大黄鱼种质创新鱼新品种培育”。

     先后参加中科院战略性先导科技专项、国家海洋局海洋公益性行业科研专项、国家重点研发计划项目和国家自然基金中德科学

    中心合作研究等国家科研项目。

     2022-至今为福建省科技特派员，平潭综合实验区科技特派员。


    论文著作

    Main Scientific Research Papers (# indicates co - first author,  *indicates corresponding author)


    1. Liu Ruoyu, Meng Ziyu, Mu Yinnan, Zhang Ran, Ma Hanhui, Hu Jingjing, Wang Yanan, Shi Yuxin, Li Yanan, Wang Chaofeng, Zhang Weini, Lin Longshan*, Zheng Ping*, Chen Xinhua*. 2025. Chromosome-level reference genome and annotation of the Arctic fish Anisarchus medius. Scientific Data, 12(1): 68.  

    2. Chen Shengzhen, Zheng Ping, Zheng Lele, Yao Qinglong, Meng Ziyu, Lin Longshan, Chen Xinhua*, Liu Ruoyu*. 2025. BERT-DomainAFP: Antifreeze Protein Recognition and Classification Model Based on BERT and Structural Domain Annotation.iScience, 28(4).

    3.  Lin Jinting(#), Wu Jiahao(#), Zhang Dan, Cai Xinkai, Du Lumiao, Lu Lin, Liu Chaojia, Chen Shengzhen, Yao Qinglong, Xie Shiyu, Xu Xiaowen, Wang Xiaomei, Liu Ruoyu*, Qin Yuan*, Zheng Ping*. 2024. The GRAS gene family and its roles in pineapple (Ananas comosus L.) developmental regulation and cold tolerance. BMC Plant Biology, 24(1): 1204.

    4. Liu Ruoyu, Chen Li, Luo Site, Zhu Xinlong, Jiang Zhenwei, Nethupul Hasitha, Chen Xinhua*. The complete mitochondrial genome of snailfish Liparis tanakae Gilbert & Burke, 1912 (Perciformes: Cottioidei: Liparidae). Mitochondrial DNA Part B, 2022, 7(4): 649-651.  

    5.  Mu Yinan(#), Bian Chao(#), Liu Ruoyu(#), Wang Yuguang, Shao Guangming, Li Jia, Qiu Ying, He Tianliang, Li Wanru, Ao Jingqun, Shi Qiong*, Chen Xinhua*. Whole genome sequencing of a snailfish from the Yap Trench (~7,000 m) clarifies the molecular mechanisms underlying adaptation to the deep sea. PLoS Genetics, 2021, 17(5): e1009530.

    6. Liu Ruoyu, Liu Jun, Zhang Haibin*. Positive selection analysis provides insights into the deep-sea adaptation of a hadal sea cucumber (Paelopatides sp.) to the Mariana Trench. Journal of Oceanology and Limnology, 2021, 39 (01), 266-281.  

    7. Feng Chenguang (#), Liu Ruoyu (#), Xu Wenjie, Zhou Yang, Zhu Chenglong, Liu June, Wu Baosheng, Li Yongxin, Qiu Qiang, He Shunping, Zhang Haibin*, Wang Kun*. The genome of a new anemone species (Actiniaria: Hormathiidae) provides insights into deep-sea adaptation. Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers. 2021, 170:103492.  

    8. Liu Ruoyu(#), Wang Kun(#), Liu Jun, Xu Wenjie, Zhou Yang, Zhu Chenglong, Wu Baosheng, Li Yongxin, Wang Wen, He Shunping, Feng Chenguang*, Zhang Haibin*. De novo genome assembly of limpet Bathyacmaea lactea (Gastropoda: Pectinodontidae), the first reference genome of a deep-sea gastropod endemic to cold seeps. Genome Biology and Evolution, 2020, 12(6): evaa100.  

    9. Thomas Elin A*, Liu Ruoyu, Amon Diva, Copley Jon T, Glover Adrian G, Helyar Sarah J, Olu Karine, Wiklund Helena, Zhang Haibin, Sigwart Julia D. Chiridota heheva—the cosmopolitan holothurian. Marine Biodiversity, 2020, 50(6): 110.

    10. 刘若愚,孙忠民,姚建亭,胡自民*,段德麟*.中国近海重要生态建群红藻真江蓠的群体遗传多样性研究.生物多样性. 2016, 24(7), 781-790. Liu Ruoyu, Sun Zhongmin, Yao Jianting, Hu Zimin*, Duan Delin*. A Study on the Population Genetic Diversity of Gracilaria vermiculophylla, an Important Ecological Community-Forming Red Alga in the Coastal Waters of China. Biodiversity Science. 2016, 24(7), 781-790. (in Chinese).

    11. Hu Zimin*, Liu Ruoyu, Zhang Jie, Duan Delin, Wang Gaoge, Li Wenhong. A unique genetic lineage at the southern coast of China in the agar-producing Gracilaria vermiculophylla (Gracilariales, Florideophyceae). Algae, 2018, 33 (3), 269-278.

    12. Hu Zimin*, Kantachumpoo Attachai*, Liu Ruoyu, Sun Zhongmin, Yao Jianting, Komatsu Teruhisa, Uwai Shinya, Duan Delin. A late Pleistocene marine glacial refugium in the southwest of Hainan Island, China: phylogeographical insights from the brown alga Sargassum polycystum. Journal of Biogeography, 2017, 45 (2), 355-366.

    13.  Li Jingjing, Hu Zimin*, Liu Ruoyu, Zhang Jie, Liu Shaolun, Duan Delin*. Phylogeographic surveys and apomictic genetic connectivity in the North Atlantic red seaweed Mastocarpus stellatus. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2016, 94, 463-472.  

    14. Li Youshen, Zhang Baoyu, Li Jianxin, Zhou Yuanyuan, Liu Ruoyu, Chen Xinhua*.Peptide chain release factor methyltransferase gene hemK regulates multiple bacterial phenotypes and is essential for the pathogenicity of Pseudomonas plecoglossicida. Aquaculture Reports, 2024, 36.

    15. Wang Yongyang, Wu Ziliang, Chen Hui, Liu Ruoyu, Zhang Weini*, Chen Xinhua*. Astragalus polysaccharides protect against inactivated Vibrio alginolyticus-induced inflammatory injury in macrophages of large yellow croaker. Fish and Shellfish Immunology, 2022, 131, 95-104.

    16. Zhang Weini, Wang Yongyang, Cheng Anyi, Liu Ruoyu, Kang Fuyu, Zhao Jinping, Shao Jianchun, Huang Xiaohong*, Chen Xinhua*. Protective effects of dietary Astragalus polysaccharides on large yellow croaker (Larimichthys crocea) against Vibrio alginolyticus infection. Aquaculture, 2024, 581: 740398.

    17. Li Yanan, Chen Zongfu, Zhang, Haibin, Liu Ruoyu, Chen Shuichun, Lin Li*. Analysis of environmental selection pressure of superoxide dismutase in deep-sea sea cucumber. Journal of Oceanology and Limnology, 2024.



    Dissertations

    1. 刘若愚 (2020).基于组学数据探讨海参的深海适应性和深海生物的趋同演化研究 [D].中国科学院深海科学与工程研究所,三亚.博士Liu Ruoyu (2020). Comparative omics provide insights into the deep-sea adaptation of sea cucumbers and convergent evolution across deep-sea animals [D]. Institute of Deep Sea Science and Engineering, Chinese Academy of Sciences, Sanya. Doctoral Dissertation (in Chinese).

    2. 刘若愚(2016).中国近海重要生态建群红藻真江蓠(Gracilaria vermiculophylla)的居群遗传多样性研究 [D].中国科学院海洋研究所,青岛.硕士 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》11(2)证书编号：1016206098. Liu Ruoyu (2016). Population genetic diversity of the habitat-forming red alga Gracilaria vermiculophylla along the China coasts [D]. Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao. Master's Dissertation (in Chinese). (Full-text Database of Chinese Excellent Master's Theses, 11(2), Certificate No.: 1016206098) .



    Books

    1. 彭晓彤等(2023).深渊科学：地质、环境与生命新前沿 [B].科学出版社. 2023-03-30. ISBN： 9787030751232（张海滨,刘君, 刘若愚,穆文丹,李亚男.第4章 深渊大型底栖无脊椎动物物种分布及适应性进化）Peng Xiaotong et al. (2023). New Frontiers in Hadal Science: Geology, Environment and Life [B]. Science Press. March 30, 2023. ISBN: 9787030751232 (Zhang Haibin, Liu Jun, Liu Ruoyu, Mu Wendan, Li Yanan. Chapter 4: Species Distribution and Adaptive Evolution of Hadal Macrobenthic Invertebrates)  (in Chinese).



    科技成果

    长期从事海洋生物信息学领域的学习研究，曾参加中国近海和深海航次，在 “深海勇士号”载人深潜器南海西沙科考中获评 “先进工作者”。

    发布首个北极中间弧线鳚基因组，首个深海冷泉腹足类基因组，第一个原位固定深渊海参转录组，以及首次鉴定新物种(海槽海葵)同步发布其高质量基因组，探讨深渊狮子鱼的深海适应性分子机制发现肠道共生菌可能参与其高静水压力适应性，原创性的提出深海大型动物分子趋同演化的观点，获得中国科学院院长奖优秀奖。

    开发自研AI模型BERT-DomainAFP预测极地鱼类基因组抗冻蛋白。

    构建首个变形假单胞菌基因组数据库（https://pplecoglossicida.fafu.edu.cn）。

    探索过海藻养殖及亲缘地理演化历史。


    发明专利

    1.朱军, 鲍时翔, 林勇,刘若愚, 邹潇潇, 黄惠琴. 长茎葡萄蕨藻池塘养殖技术: 中国发明专利, CN106973780A, 2017-07-25. 

    2.朱军, 鲍时翔, 林勇, 邹潇潇, 刘若愚. 一种海葡萄汁饮料及其制备的方法: 中国发明专利, CN106858211A, 2017-06-20. 

    3.刘若愚, 陈盛圳, 陈新华, 郑平, 孟子钰. 一种基于迁移学习的抗冻蛋白分型预测方法: 中国发明专利, CN202410678242.X申请号20240529, CN118447928A公开号20240806. 

    4.陈新华, 刘若愚, 翟宇, 孟子钰，黄晞越. 一种基于变形假单胞菌菌株 oprL 基因检测致病性变形假单胞菌的引物、试剂盒、方法及应用：中国发明专利, 202411414959.X申请号20241011， CN119242828A公开号20250103. 


    授权软件著作权

    5.福建农林大学，刘若愚，郑平，陈新华. （2024年01月05日）基于计算机视觉的大黄鱼体尺体重表型测量分析系统V1.0，中华人民共和国国家版权局 计算机软件著作权登记证书，证书号：软著登字第12442162号，登记号：2024SR0038289，开发完成时间：2023年11月10日。

    6.福建农林大学，刘若愚，郑平，陈新华. （2024年01月05日）北极鱼基因组数据分析管理系统V1.0，中华人民共和国国家版权局 计算机软件著作权登记证书，证书号：软著登字第12442121号，登记号：2024SR0038248，开发完成时间：2023年11月15日。

    7.福建农林大学，刘若愚，郑平，陈新华. （2024年01月25日）变形假单胞菌基因分型分析系统V1.0，中华人民共和国国家版权局 计算机软件著作权登记证书，证书号：软著登字第12570816号，登记号：2024SR0166943，开发完成时间：2023年12月01号。

    8.福建农林大学，刘若愚，郑平，陈新华. （2024年01月25日）大黄鱼致病菌变形假单胞菌的致病基因筛选系统V1.0，中华人民共和国国家版权局 计算机软件著作权登记证书，证书号：软著登字第12570832号，登记号：2024SR0166959，开发完成时间：2023年12月01号。