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陈倬
副教授
园艺学院
行政职务：
技术职称：
副教授
最后学位：
博士
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电子邮箱：
zhuochen@fafu.edu.cn
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  • 主要从事作物基因组、群体遗传学和多维度组学整合研究，研究对象涉及水稻、小麦、牧草、果树等。主持国家自然科学基金、福建省自然科学基金等项目2项；先后参与中科院战略先导专项、国家重点研发项目、国家自然科学基金重点项目、面上项目等课题4项。研究成果以第一作者(含共同第一)身份发表在National Science Review、Journal of Genetics and Genomics、Cell、Plant Cell、Molecular Plant 、Science China Life Sciences、Plant Phenomics等期刊。作为合作者，在Science、Nature Plants、Nature Food、Nature Communications等期刊发表论文10余篇。

    担任Journal of Genetics and Genomics青年编委。Plant Biotechnology Journal、Rice、Frontiers in Genetics等期刊审稿人。

    如需了解详细发表记录，请参考ResearchGate页面：https://www.researchgate.net/profile/Zhuo-Chen-11/research

    个人主页：https://zhuochenbioinfo.github.io/

    Github: https://github.com/zhuochenbioinfo

    ORCiD: 0000-0002-4001-0452

  • 教育经历

    2009-09-2013-06 中国农业大学 农学与生物技术学院 种子科学与工程 学士学位；

    2013-09-2020-06 中国科学院大学 中国科学院遗传与发育生物学研究所 生物信息学 博士学位；


  • 工作经历

    2020-08-2022-07 中国科学院遗传与发育生物学研究所 博士后；

    2022-08至今 福建农林大学 副教授，硕士生导师

  • 荣誉及奖励

    福建省高层次人才C类


  • 教学活动

    2022-2023秋 智慧农业专业《生物信息学》

    2023-2024秋 园艺专业《科技论文写作》

    2023-2024春 园艺专业《园艺植物栽培学总论》

    2022-2023春 园艺专业《专业劳动实践》

    2023-2024秋 园艺专业《专业综合实践》

    • 研究领域

    目前，主要以园艺植物、大田作物为研究对象，开展基于高通量测序技术的植物转录调控和功能基因组学研究，解析植物重要农艺性状的遗传基础。


    主要研究成果：

    作为主要完成人，借助自主开发的多种生物信息学算法和工具，结合高通量基因组学和表型组学技术，解析了水稻品种改良过程中广泛存在的亚种间遗传交流和亚种内群体分化对品质、产量、抗性、杂种优势等关键特性的重要贡献，以及其中所涉及的关键基因(Science China Life Sciences, 2020; Journal of Genetics and Genomics, 2020; National Science Review, 2023; Plant Phenomics, 2023)。

    参与解析了重要牧草紫花苜蓿群体演化的历史，以及一个与耐盐、休眠等多个性状关联的关键基因(Molecular Plant, 2020)。

    参与建立基于三代测序技术的水稻泛基因组，通过群体结构变异解析和关联分析，定位到叶片早衰等性状的新位点(Cell, 2021)。

    相关研究成果对水稻、苜蓿等重要作物的遗传改良提供了重要的靶点，为杂交育种亲本选择提供了依据；对整合作物种质资源和功能基因研究成果，实现品种精准改良，保障国家粮食安全有理论价值和现实意义。


    开授课程

    2022-2023秋 智慧农业专业《生物信息学》

    2023-2024秋 园艺专业《科技论文写作》

    2023-2024春 园艺专业《园艺植物栽培学总论》

    2022-2023春 园艺专业《专业劳动实践》

    2023-2024秋 园艺专业《专业综合实践》

    科研项目

    主持国家自然科学基金、福建省自然科学基金等项目2项；先后参与中国科学院战略先导专项、国家重点研发项目、国家自然科学基金重点项目、面上项目等4项。

    论文著作

    代表性论文：

    · Chen Z#, Bu Q#, Liu G#, Wang M, Wang H, Liu H, Li X, Li H, Fang J, Liang Y, Teng Z, Kang S, Yu H, Cheng Z, Xue Y, Liang C, Tang J*, Li J*, Chu C*. Genomic decoding of breeding history to guide breeding-by-design in rice. Natl. Sci. Rev, 2023, 10(5):nwad029.

    · Chen Z, Li X, Lu H, Gao Q, Du H, Peng H, Qin P, Liang C*. Genomic atlases of introgression and differentiation reveal breeding footprints in Chinese cultivated rice. J. Genet. Genomics, 2020, 47(10):637-649.

    · Qin P#, Lu H#, Du H#, Wang H#, Chen W#, Chen Z#, He Q, Ou S, Zhang H, Li X, Li X, Li Y, Liao Y, Gao Q, Tu B, Yuan H, Ma B, Wang Y, Qian Y, Fan S, Li W, Wang J, He M, Yin J, Li T, Jiang N, Chen X, Liang C*, Li S*. Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations. Cell, 2021, 184(13):3542-3558.

    · Li H#, Chen Z#, Zhu W#, Ni X#, Wang J, Fu L, Chen J, Li T, Tang L, Yang Y, Zhang F, Wang J, Zhou B, Chen F, Lü P*. The MaNAP1-MaMADS1 transcription factor module mediates ethylene-regulated peel softening and ripening in banana. Plant Cell, 2024, :koae282.

    · Shen C#, Du H#, Chen Z#, Lu H#, Zhu F, Chen H, Meng X, Liu Q, Liu P, Zheng L, Li X, Dong J*, Liang C*, Wang T*. The Chromosome-Level Genome Sequence of the Autotetraploid Alfalfa and Resequencing of Core Germplasms Provide Genomic Resources for Alfalfa Research. Mol. Plant., 2020, 13(9):1250-1261.

    · Li X#, Chen Z#, Zhang G#, Lu H#, Qin P, Qi M, Yu Y, Jiao B, Zhao X, Gao Q, Wang H, Wu Y, Ma J, Zhang L, Wang Y, Deng L, Yao S, Cheng Z, Yu D, Zhu L, Xue Y, Chu C, Li A*, Li S*, Liang C*. Analysis of genetic architecture and favorable allele usage of agronomic traits in a large collection of Chinese rice accessions. Sci. China Life Sci., 2020, 63(11):1688-1702.

    · Tang Z#, Chen Z#, Gao Y, Xue R, Geng Z, Bu Q, Wang Y, Chen X, Jiang Y, Chen F, Yang W*, Hu W*. A Strategy for the Acquisition and Analysis of Image-Based Phenome in Rice during the Whole Growth Period. Plant Phenomics, 2023, 5:0058.


    其他合作论文：

    · Zhang X, Meng W, Liu D, Pan D, Yang Y, Chen Z, Ma X, Yin W, Niu M, Dong N, Liu J, Shen W, Liu Y, Lu Z, Chu C, Qian Q, Zhao M, and Tong H. Enhancing rice panicle branching and grain yield through tissue-specific brassinosteroid inhibition. Science, 2024, 383: eadk8838.

    · Liu C, Mao B, Zhang Y, Tian L, Ma B, Chen Z, Wei Z, Li A, Shao Y, Cheng G, Li L, Li W, Zhang D, Ding X, Peng J, Peng Y, He J, Ye N, Yuan D, Chu C, and Duan M. The OsWRKY72-OsAAT30/OsGSTU26 module mediates reactive oxygen species scavenging to drive heterosis for salt tolerance in hybrid rice. Journal of Integrative Plant Biology, 2024, 66:709-730.

    · Zhu W, Li H, Dong P, Ni X, Fan M, Yang Y, Xu S, Xu Y, Qian Y, Chen Z, and Lu P. Low temperature-induced regulatory network rewiring via WRKY regulators during banana peel browning. Plant Physiology, 2023, 193:855-873.

    · Shi X, Cui F, Han X, He Y, Zhao L, Zhang N, Zhang H, Zhu H, Liu Z, Ma B, Zheng S, Zhang W, Liu J, Fan X, Si Y, Tian S, Niu J, Wu H, Liu X, Chen Z, Meng D, Wang X, Song L, Sun L, Han J, Zhao H, Ji J, Wang Z, He X, Li R, Chi X, Liang C, Niu B, Xiao J, Li J, and · Ling HQ. Comparative genomic and transcriptomic analyses uncover the molecular basis of high nitrogen-use efficiency in the wheat cultivar Kenong 9204. Molecular Plant, 2022, 15:1440-1456.

    · Li Q, Xu F, Chen Z, Teng Z, Sun K, Li X, Yu J, Zhang G, Liang Y, Huang X, Du L, Qian Y, Wang Y, Chu C, and Tang J. Synergistic interplay of ABA and BR signal in regulating plant growth and adaptation. Nature Plants, 2021, 7:1108-+.

    · Qiu L, Wu Q, Wang X, Han J, Zhuang G, Wang H, Shang Z, Tian W, Chen Z, Lin Z, He H, Hu J, Lv Q, Ren J, Xu J, Li C, Wang X, Li Y, Li S, Huang R, Chen X, Zhang C, Lu M, Liang C, Qin P, Huang X, Li S, and Ouyang X. Forecasting rice latitude adaptation through a daylength-sensing-based environment adaptation simulator. Nature Food, 2021, 2:348-+.

    · Chen J, Zhang H, Deng S, Du H, Chen Z, Zhao Y, Dai D, Liang C, Li X, Liang C, Zhang R, and Ma L. A backbone parent contributes core genomic architecture to pedigree breeding of early-season indica rice. Journal of Genetics and Genomics, 2021, 48:1040-1043.

    · Huang C, Chen Z, and Liang C. Oryza pan-genomics: A new foundation for future rice research and improvement. Crop Journal, 2021, 9:622-632.

    · Peng H, Wang K, Chen Z, Cao Y, Gao Q, Li Y, Li X, Lu H, Du H, Lu M, Yang X, and Liang C. MBKbase for rice: an integrated omics knowledgebase for molecular breeding in rice. Nucleic Acids Research, 2020, 48:D1085-D1092.

    · Zhao Y, Li X, Chen Z, Lu H, Liu Y, Zhang Z, and Liang C. An Overview of Genome-wide Association Studies in Plants. Chinese Bulletin of Botany, 2020, 55:715-732.

    · Zhang GM, Zheng TQ, Chen Z, Wang YL, Wang Y, Shi YM, Wang CC, Zhang LY, Ma JT, Deng LW, Li W, Xu TT, Liang CZ, Xu JL, and Li ZK. Joint Exploration of Favorable Haplotypes for Mineral Concentrations in Milled Grains of Rice (Oryza sativa L.). Frontiers in Plant Science, 2018, 9:447.

    · Du H, Yu Y, Ma Y, Gao Q, Cao Y, Chen Z, Ma B, Qi M, Li Y, Zhao X, Wang J, Liu K, Qin P, Yang X, Zhu L, Li S, and Liang C. Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome. Nature Communications, 2017, 8:15324.

    · Qu M, Hamdani S, Li W, Wang S, Tang J, Chen Z, Song Q, Li M, Zhao H, Chang T, Chu C, and Zhu X. Rapid stomatal response to fluctuating light: an under-explored mechanism to improve drought tolerance in rice. Functional Plant Biology, 2016, 43:727-738.


    更多发表记录请参考ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Zhuo-Chen-11/research


    科技成果

    软件开发：

    ·基于单倍型的群体分化分析参数HFI: https://github.com/zhuochenbioinfo/HFI

    ·基于3,000水稻基因组项目和单倍型的水稻亚群祖先成分推断: https://github.com/zhuochenbioinfo/3KRG-HAP

    ·基于BLAT比对的InDel检测工具psltools: https://github.com/zhuochenbioinfo/psltools

    ·针对杂合基因型优化的核苷酸多态性检测工具hetPi: https://github.com/zhuochenbioinfo/hetPi

    ·基于VCF的样本序列局部相似性分析工具: https://github.com/zhuochenbioinfo/VcfWinSim

    ·基于VCF的局部和基因单倍型分析工具: https://github.com/zhuochenbioinfo/VCF2HAP


    中国科学院遗传与发育生物学研究所. 基于测序数据的水稻基因组亚群成分推断软件 V1.0. 登记号：2023SR1173957