李占杰 副教授农学院

1）染色体结构与基因组重复序列

真核生物基因组中包含大量的重复序列，包括串联重复序列以及转座子序列，其中串联重复序列主要出现在染色体的着丝粒、端粒以及rDNA区域，而转座子序列则散在分布于染色体上。植物基因组中重复序列的占比可高达80%-90%，可以形象地说“功能基因漂浮在重复序列的海洋中”。那么这些重复序列的组成如何？他们对于基因组的功能是什么？以及他们在长期的物种进化过程中表现出哪些演化规律？我们希望利用细胞生物学、分子生物学以及生物信息学的手段去寻找一些线索。涉及到的研究方法主要包括：FISH、Fiber-FISH、ChIP-seq及重复序列聚类分析等。

2）染色质与基因表达调控

随着高通量测序技术的发展，植物基因组学也已进入后基因组时代。大量非编码序列的存在不再被认为是“垃圾”DNA，而是一系列潜在的拥有复杂调控功能的元件，包括启动子、增强子、绝缘子、抑制子等。正是由于这些调控元件的存在，适时的打开和关闭一些基因的表达，才使得拥有相同基因组的细胞表现出不同的形态和功能，同时，也使植物拥有了应对生长发育需求及响应环境刺激的能力。我们通过开发一系列染色质图谱构建方法，绘制在不同生理条件下的染色质动态调节图谱，尝试鉴定与植物基因表达相关的重要功能调控元件。涉及到的研究方法主要包括：DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq、RNA-seq等高通量测序文库构建及相关生物信息学分析等。

承担课程：

《生物化学与分子生物学》双语、《生物化学》、《遗传学》双语、《普通遗传学》、遗传学实验、《植物生物技术》等课程。

1)      福建省科技厅自然科学基金高校联合资助面上项目，2025J01553，基于酶切程度控制的植物单样本双染色质图谱绘制与应用研究，2025.05-2028.04，9万元，主持，在研

2)      福建农林大学2022年本科教育教学改革研究重点项目，111422157，油菜作为遗传学教学材料的应用探索，2023.01-2024.12，3万，主持，已结题

3)      国家自然科学基金青年科学基金项目，32100325，基于片段筛选策略的植物全基因组开放染色质图谱快速构建方法的研究，2022.01-2024.12，30万元，主持，已结题

4)      福建省科技厅自然科学基金高校联合资助面上项目，2021J01072，芸薹属植物功能着丝粒区DNA序列组成及演化分析，2021.11-2024.11，7万元，主持，已结题

5)      福建省农产品质量安全重点实验室开放课题，30%茚虫威·丁醚脲对茶叶品质的影响，2022.01-2023.12，3万元，主持，已结题

6)      福建省科技厅自然科学基金高校联合资助面上项目，2018J01711，苯磺隆诱导甘蓝型油菜雄性不育早期调控元件的发掘，2018.04-2021.04，8万元，主持，已结题

7)      福建省教育厅省属高校科研项目，JK2017016，着丝粒特异组蛋白CENH3介导的甘蔗单倍体诱导体系的建立，2018.01-2020.12，5万元，主持，已结题

8)      福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心开放课题，KJG16006B，割手密染色体精确识别寡核苷酸探针制备及遗传多样性分析，2016.12-2018.06，5万元，主持，已结题

9)      福建农林大学A类人才科研启动费，61201400517，2017，5万元，主持，已结题

1)       李占杰，贾琪，郑婷婷，王伟，张冲，秦源^*. 芸薹属植物在遗传学实验教学中的应用探索. 遗传（北京），2025, 47(7):813-820.

2)       李占杰，孔宝玉，韦航，梁启富^*. 丁醚脲和茚虫威不同施药浓度对茶鲜叶挥发物的影响. 农产品质量与安全, 2024, (06):70-75.

3)       Kai Ouyang^#, Qifu Liang^#, Li Miao, Zhiliang Zhang and Zhanjie Li*. Genome-wide mapping of DNase I hypersensitive sites in pineapple leaves. Frontiers in genetics, 2023, 14:1086554.

4)      李占杰，秦源*，染色质可及性与植物基因表达调控，植物学报，2021, 56(06), 664-675.

5)       ZhanJie Li, Kai Wang*. Genome-wide identification of regulatory DNA elements in crop plants in: Cereal Genomics: Methods and Protocols. Edited by L. M. Vaschetto, 2020, vol. 2072: 85-99.

6)       ZhanJie Li, PeiPei Zhang, JinYang Lv, YuFeng Cheng, ShengWu Hu^*, HuiXian Zhao^*. Global dynamic transcriptome programming of metabolism processes during rapeseed (Brassica napus L.) anther development. Plos one, 2016, 11(5): e0154039

7)       ZhanJie Li, YuFeng Cheng, JianMin Cui, PeiPei Zhang, HuiXian Zhao^*, ShengWu Hu^*. Comparative transcriptome analysis reveals carbohydrate and lipid metabolism blocks in Brassica napus L. male sterility induced by the chemical hybridization agent monosulfuron ester sodium. BMC Genomics, 2015, 16: 206

8)       YuFeng Cheng^#, JianMin Cui^#, ZhanJie Li^#, ZhaoXin Hu, ZeNong Xing, Jiao Wang, HuiXian Zhao^*, ShengWu Hu^*. The sulphonylurea herbicide monosulphuron ester sodium as a special male gametocide in Brassica napus L.. Czech Journal of Genetics and Plant Breeding, 2015, 51(1):16-22

9)       HuiXian Zhao, ZhanJie Li, ShengWu Hu^*, GenLou Sun, JianJun Chang, ZeHua Zhang. Identification of cytoplasm types in rapeseed (Brassica napus L.) accessions by a multiplex PCR assay. Theoretical and Applied Genetics, 2010, 121(4): 643-650

合作发表：

10)    Wenping Zhang#, Jishan Lin#, Jianguo Li#, Shaoquan Zheng#, Xingtan Zhang, Shuai Chen, Xiaokai Ma, Fei Dong, Haifeng Jia, Xiuming Xu, Ziqin Yang, Panpan Ma, Fang Deng, Ban Deng, Yongji Huang, Zhanjie Li, Xiaozhou Lv, Yaying Ma, Zhenyang Liao, Zhicong Lin, Jing Lin, Shengcheng Zhang, Tracie Matsumoto, Rui Xia, Jisen Zhang, Ray Ming^*. Rambutan genome revealed gene networks for spine formation and aril development. The Plant Journal, 2021,108: 1037–1052

11)    Yinjia Li#, Sheng Zuo#, Zhiliang Zhang#, Zhanjie Li, Jinlei Han, Zhaoqing Chu, Robert Hasterok and Kai Wang^*. Centromeric DNA characterization in the model grass Brachypodium distachyon provides insights on the evolution of the genus. The Plant Journal, 2018, 93 (6): 1088-1101

12)    Zhuang Meng#, Xiaoxu Hu#, Zhiliang Zhang, Zhanjie Li, Qingfang Lin, Mei Yang, Pingfang Yang, Ray Ming, Qingyi Yu, Kai Wang*. Chromosome nomenclature and cytological characterization of sacred lotus. Cytogenetic and Genome Research, 2018,  153(4).

13)    WenPan Zhang#, Sheng Zuo#, ZhanJie Li, Zhuang Meng, JinLei Han, JunQi Song, Yong-Bao Pan, Kai Wang*. Isolation and characterization of centromeric repetitive DNA sequences in Saccharum spontaneum. Scientific Reports, 2017, 7: 41659

14)    HuDe Mao^*, LiJuan Yu, Ran Han, ZhanJie Li, Hui Liu. ZmNAC55, a maize stress-responsive NAC transcription factor, confers drought resistance in transgenic Arabidopsis. Plant Physiology and Biochemistry, 2016, 105:55-66

15)    HuDe Mao^*, LiJuan Yu, ZhanJie Li, Hui Liu, Ran Han. Molecular evolution and gene expression differences within the HD-Zip transcription factor family of Zea mays L.. Genetica, 2016, 144(2): 243-257

16)    HuDe Mao^*, LiJuan Yu, ZhanJie Li, Yan Yan, Ran Han, Hui Liu, Meng Ma. Genome-wide analysis of the SPL family transcription factors and their responses to abiotic stresses in maize. Plant Gene, 2016, 6:1-12

17)    Meng Ma, Qian Wang, ZhanJie Li, HuiHui Cheng, ZhaoJie Li, XiangLi Liu, WeiNing Song, Rudi Appels, HuiXian Zhao^*. Expression of TaCYP78A3, a gene encoding Cytochrome P450 CYP78A3 protein in wheat (Triticum aestivum L.) affects seed size. The Plant Journal, 2015, 83(2): 312-325

18)    Ran Han, Chao Jian, JinYang Lv, Yan Yan, Qing Chi, ZhanJie Li, Qian Wang, Jin Zhang, XinagLi Liu, HuiXian Zhao^*. Identification and characterization of microRNAs in the flag leaf and developing seed of wheat (Triticum aestivum L.). BMC Genomics, 2014, 15: 289

19)    YuFeng Cheng^#, Qian Wang^#, ZhanJie Li, JianMin Cui, ShengWu Hu^*, HuiXian Zhao^*, MingShun Chen. Cytological and comparative proteomic analyses on male sterility in Brassica napus L. induced by the chemical hybridization agent monosulphuron ester sodium. Plos One, 2013, 8(11): e80191

20)    常建军，胡胜武^*，赵惠贤，李占杰，改良型 Ogu-NWSUAF CMS 油菜的生物学特征，西北农林科技大学学报(自然科学版)，2010, 38( 4): 71~78

授权发明专利：

1）  胡胜武，赵惠贤，李占杰. 建立油菜细胞质类型特异PCR标记以及快速鉴定油菜细胞质类型的方法. 国家发明专利，专利号：ZL 2009 1 0022297.0，授权公告日：2012.05.23。