主要以作物为研究材料，开展作物生物育种技术研究，包括抗性种质资源鉴定、抗性功能基因的挖掘与抗性新品种选育等。先后主持国家自然科学基金项目、国家科技重大专项子课题、福建省自然科学基金重点项目等的研究，共发表高质量论文120多篇、他引超4000次，单篇他引超300次；主编教材2部；授权发明专利4项，已许可转让2项；获福建省科技进步二等奖、三等奖和福建省专利二等奖各1次（均排名第1）。

（1）秋季学期    本科生    生物信息学（双语）；

（2）春季学期    硕博士研究生   生物信息学进展；

（3）全年        爱课程平台   生物大数据。

1. 国家自然科学基金（32370709）：基于多组学的抗病且调控水稻籽粒发育新基因OsR18作用机理研究，2024-01-01至2027-12-31，主持；

2. 国家自然科学基金（31270454）：逆境胁迫下水稻异三聚体G蛋白下游受体效应器的鉴定与功能分析，2013-01-01 至 2016-12-31，主持；

3. 国家自然科学基金（31070402）：逆境胁迫下水稻异三聚体G蛋白及其磷酸化修饰的作用机理研究，2011-01-01 至 2011-12-31，主持；

4. 国家自然科学基金（30200170）：大麦化感作用机制及其基因定位研究，2003-01-01 至 2005-12-31，主持；

5. 福建省自然科学基金重点项目（2022J02020）：水稻抗病且稳产新基因的挖掘及其功能分析，2022-09-01至2024-12-31，主持；

6. 农业生物育种国家科技重大专项子课题（2023ZD040720206）：资源高效利用新基因挖掘与育种价值评价（磷钾高效协同优质抗病新基因挖掘及育种价值评价），2024-01-01至2025-12-31，主持.

1. Ma S^#., Xu S^#., Tao H^#., Huang Y., Feng C., Huang G., Lin S., Sun Y., Chen X., Fabrice Kabore M.A., Tareke Woldegiorgis S., Ai Y., Zhang L., Liu W., He H*. OsBRW1, a novel blast-resistant gene, coded a NBS-LRR protein to interact with OsSRFP1 to balance rice growth and resistance. Plant Biotechnol. J. 2025, 23 (1): 250-267. 

2. Tao H^#., Xu S^#., Shen H., Yang J., Xu Y., Huang G., Feng C., Wan W., Tareke Woldegiorgis S., Liu W., He H*. Genome-wide characterization and functional analysis of heat shock transcription factors in wild and cultivated rice (Oryza sativa L.). Plant Stress 2024, 12: 100505

3. Ma S., Sun Y., Chen X., Guo J., Wu S., Wu G., Huang G., Kabore M.A.F., Woldegiorgis S.T., Ai Y., Zhang L., Liu W., He H*. Gα solicits OsNYC4 and GW2-WG1- OsbZIP47 modules to regulate grain size in rice (Oryza sativa L.). Agronomy 2024, 14, 1514.

4. Qiu F., Zheng Y., Lin Y., Woldegiorgis ST, Xu S., Feng C., Huang G., Shen H., Xu Y., Kabore MAF, Ai Y., Liu W., He H*. Integrated ATAC-seq and RNA-seq data analysis to reveal OsbZIP14 function in rice in response to heat stress. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24 (6): 5619.

5. Woldegiorgis ST, Wu T., Gao L, Huang Y., Zheng Y., Qiu F., Xu S., Tao H., Harrison A., Liu W., He H*. Identification of heat-tolerant genes in non-reference sequences in rice by integrating pan-genome, transcriptomics, and QTLs. Genes (Basel) 2022, 13 (8): 1353.

6. Tian T., Chen L., Ai Y., He H*. Selection of candidate genes conferring blast resistance and heat tolerance in rice through integration of meta-QTLs and RNA-seq. Genes (Basel) 2022, 13 (2): 224. 

7. Chen L., Wan L., Wei X., Wan L*., He H*. Adaptive synchronization of reaction diffusion neural networks with infinite distributed delays and stochastic disturbance. IEEE Access 2020, 8: 180411-180421

8. Ma S., Song Q., Tao H., Harrison A., Wang S., Liu W., Lin S., Zhang Z., Ai Y*., He H*. Prediction of protein-protein interactions between fungus (Magnaporthe grisea) and rice (Oryza sativa L.). Briefings in Bioinformatics 2019, 20 (2): 448-456.

9. Woldegiorgis ST ^#., Wang S^#., He Y., Xu Z., Chen L., Tao H., Zhang Y., Zou Y., Harrison A., Zhang L., Ai Y., Liu W*., He H*. Rice stress-resistant SNP database. Rice (N Y) 2019, 12 (1):97.

10. Ma S^#., Lin S^#., Wang M., Zou Y., Tao H., Liu W., Zhang L., Liang K., Ai Y*., He H*. Differential expression proteins contribute to race-specific resistant ability in rice (Oryza sativa L.). Plants 2019, 8(2): 0-29. 

11. Liu W., Li L., Long X., You W., Zhong Y., Wang M., Tao H., Lin S., He H*. Construction and analysis of gene co-expression networks in Escherichia coli. Cells 2018, 7 (3), 19.

12. Li K^#., Xu C^#., Huang J^#., Liu W., Zhang L., Wan W., Tao H., Li L., Lin S., Harrison A., He H*. Prediction and identification of the effectors of heterotrimeric G proteins in rice (Oryza sativa L.). Briefings in Bioinformatics 2017, 18 (2): 270-278.

13. Liu W*., Lin L., Zhang L., Liu S., Gao K., Lv Y., Tao H., He H*. Gene co-expression network analysis identifies trait-related modules in Arabidopsis thaliana. Planta 2019, 249 (5): 1487-1501. 

（1）2020年 福建省科学技术二等奖（排名第1）； 

（2）2017年  福建省专利二等奖（排名第1）；

（3）2012年   福建省科学技术三等奖（排名第1）；