1、食用真菌基因组研究

2、银耳与香灰菌互作关系研究

3、银耳的遗传育种

1、本科生课程：《食用菌栽培学》(主讲)；《微生物工程》(主讲)；《普通真菌学》(共同承担)

2、研究生课程：《食药用菌工程》(共同承担)；《微生物研究前言专题》 (参与)

1、国家自然科学基金面上项目，银耳附属染色体的多态性、遗传规律及功能特性研究（32472810），2025-2028，主持

2、国家重点研发计划子课题，金针菇高产水溶性膳食纤维的关键功能基因挖掘（2023YFF1000802-6），2023-2028，主持

3、院士工作站项目，通江县食用菌科研合作项目（N5119212023000037），2023-2026， 联合体2主持

4、福建省科技农业引导性重点项目，木耳新资源“紫耳”开发及遗传特异性分析（2023N0055），2023-2026，合作单位主持

5、国家现代农业产业技术体系岗位科学家，毛木耳与草菇品种改良（CARS-20），2022-2025，主持

6、福建省科技重大专项专题，福建省特色优势食用菌工厂化专用品种及关键技术攻关（2022NZ029015），2022-2024，子专题1主持

7、校创新基金，银耳Tr01非对称异核基因组解析（KFb22039XA），2022-2025，主持

8、中央引导地方科技发展专项，银耳Tr21产孢稀少机理的基因组水平解析（2021L3006），2021-2023，主持

9、企业委托项目，银耳液体菌种熟化技术（KH210197A），2021-2022，主持

10、福建省科技特派员后补助项目，优质银耳品种培育及高产栽培技术示范（2021S2020），2018-2020，主持

11、国家自然科学基金面上项目，基于线粒体多态性的异质性银耳种质资源鉴别（31670021），2017-2020，主持

12、福州市农业局食用菌产业专项，食用菌微型家庭农场配套技术研发（2130106），2015-2015，主持

13、福建省自然科学基金，银耳与香灰菌互作关系的研究（2009J01059），2009-2012，主持

14、国家重点研发计划子项目，闽产高品质道地中药材灵芝、太子参规范化种植及精准扶贫示范研究（2019YFC1710500），2019-2021，参与；

15、福建省种业工程项目，木生型食用菌品种选育与产业化工程（fjzycxny2017010），2017-2020，参与；

16、福建省种业创新与产业化工程项目，优势食用菌育种攻关与产业化开发，2021-2025，参与。

1）Zhang J, Tong Q, Lin F, An X, Huang H, Chen H, Ye J, Xu H, Lv X, Lv Z, Zeng F, Zhang T, Wu X, Xie B, Ming R, Deng Y*. Polymorphism and evolutionary origins of accessory chromosomes in the basidiomycete Tremella fuciformis. Nat Commun. 2026 Feb 27. doi: 10.1038/s41467-026-70078-y. Epub ahead of print. PMID: 41760684.

2）Deng Y#., Guo L., Lin L., et al. Meiosis in an asymmetric dikaryotic genome of Tremella fuciformis Tr01 facilitates new chromosome formation[J]. Genome Biology (IF12.3), 2023, 24(1): 280.

3）Tong, Q., Yang, L., Zhang, J., Zhang, Y., Jiang, Y., Liu, X., & Deng, Y* . Comprehensive investigations of 2-phenylethanol production by the filamentous fungus Annulohypoxylon stygium. Applied Microbiology and Biotechnology, 2024, 108(1), 374.

4）Deng, Y^#., Wu, X., Wen, D., Huang, H., Chen, Y., Mukhtar, I., ... & Wen, Z.^* (2021). Intraspecific mitochondrial DNA comparison of mycopathogen Mycogone perniciosa provides insight into mitochondrial transfer RNA introns. Phytopathology®, 111(4), 639-648.

5）Wang, G^#., Wang, Y., Chen, L., Wang, H., Guo, L., Zhou, X., ...Deng,Y. *& Zhang, J.* (2021). Genetic structure and evolutionary diversity of mating-type (MAT) loci in Hypsizygus marmoreus. IMA fungus, 12(1), 1-16.

6）Liu, X.^#, Wu, X., Tan, H.*, Xie, B.*, & Deng, Y. *(2020). Large inverted repeats identified by intra-specific comparison of mitochondrial genomes provide insights into the evolution of Agrocybe aegerita. Computational and structural biotechnology journal, 18, 2424-2437.

7）Deng, Y.^#, Zhang, X., Xie, B., Lin, L., Hsiang, T., Lin, X., ... & Ming, R.^* (2020). Intra-specific comparison of mitochondrial genomes reveals host gene fragment exchange via intron mobility in Tremella fuciformis. BMC genomics, 21(1), 1-12.

8）Ye, L. Y. ^#, Deng, Y. J. ^#, Mukhtar, I., Meng, G. L., Song, Y. J., Cheng, B., ... & Wu, X. P. (2020). Mitochondrial genome and diverse inheritance patterns in Pleurotus pulmonarius. Journal of Microbiology, 58(2), 142-152.

9) Yan, J. J.#, Tong, Z. J., Liu, Y. Y., Li, Y. N., Zhao, C., Mukhtar, I., ... ,Deng, Y. J.*& Xie, B. G.* (2019). Comparative Transcriptomics of Flammulina filiformis suggests a high CO2 concentration inhibits early pileus expansion by decreasing cell division control pathways. International journal of molecular sciences, 20(23), 5923.

10）Deng, Y.^#, Hsiang, T., Li, S., Lin, L., Wang, Q., Chen, Q., ... & Ming, R.^* (2018). Comparison of the mitochondrial genome sequences of six Annulohypoxylon stygium isolates suggests short fragment insertions as a potential factor leading to larger genomic size. Frontiers in microbiology, 2079.

11) Zhang, J., Zhang, X., Tang, H., Zhang, Q., Hua, X., Ma, X., ..., Deng Y. ,…& Ming, R. (2018). Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, 50 (11), 1565-1573.(25/108)

12）Deng Y^#, Zhang Q, Ming R, et al. Analysis of the mitochondrial genome in Hypomyces aurantius reveals a novel twintron complex in fungi[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2016, 17(7).

13）Deng Y^#, van Peer A F, Lan F S, et al. Morphological and molecular analysis identifies the cohabitant fungus (Xianghui) of Tremella fuciformis as Annulohypoxylon stygium.[J]. International Journal of Medicinal Mushrooms, 2016, 18(3).

14）Deng Y^#, Huang X, Ruan B, et al.Optimal codons in Tremella fuciformis end in C/G, a strong difference with known Tremella species[J].World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2015, 31(11).

15) 林隆基#,黄海辰,钟馨林,李岳峰,钟长科,谢宝贵,明瑞光,邓优锦^*.银耳栽培菌株的线粒体内含子多态性分析[J].食用菌学报,2021,29(1):1-11

16）宋燕娇^#,林隆基,杨立志,吴小平,江玉姬,明瑞光,邓优锦^*.一株阴环炭团菌(香灰菌)转化子形态变异的成因[J].菌物学报,2019,38(12):2183-2194

1、新品种：银耳新品种‘Tr2016’（闽鉴菌2019004），2019，排名第一

2、新品种：真姬菇新品种 ‘农万真1号’（闽鉴菌2020001），2020，排名第一

3、新品种：真姬菇新品种‘农万真7号’（闽认菌2023004），2023，排名第一

4、新品种：杏鲍菇新品种‘成杏2015-6’（闽认菌2019003），2019，排名第二

5、新品种：金针菇新品种‘农万金15号’（闽认菌2023002），2023，排名第三

6、新品种：真姬菇新品种‘农万真6号’（闽认菌2023003），2023，排名第四

7、新品种：真姬菇新品种‘农万真3号’（闽认菌2022004），2022，排名第四

8、新品种：真姬菇新品种‘农万真4号’（闽认菌2022005），2022，排名第四

9、新品种：灵芝新品种‘芝102’（闽认菌2011003），2011，排名第五

10、发明专利：一种适用于香灰菌生物发酵合成2-苯乙醇的培养基（202011414356.1），2022，排名第一

11、发明专利：一种可以利用L-苯丙氨酸生物发酵合成2-苯乙醇的香灰菌株（ZL202011414575.X），2022，排名第一

12、软件著作权：食药用菌育种与栽培条件控制系统V1（2017SR309897），2017，排名第一

13、发明专利：利用分子标记技术鉴定猴头菇菌种猴王的方法（ZL201010539532.4），2012，排名第一

14、发明专利：利用分子标记技术鉴定茶树菇Ag·c0003的方法（201010543985.4），2010，排名第一

15、发明专利：一种灵芝杂交育种方法（ZL200810071773.3），2010，排名第三