1、食用真菌基因组研究

2、银耳与香灰菌互作关系研究

3、银耳的遗传育种

1、本科生课程：《食用菌栽培学》(主讲)；《微生物工程》(主讲)；《普通真菌学》(共同承担)

2、研究生课程：《食药用菌工程》(共同承担)；《微生物研究前言专题》 (参与)

1、国家自然科学基金面上项目，银耳附属染色体的多态性、遗传规律及功能特性研究（32472810），2025-2028，主持

2、国家重点研发计划子课题，金针菇高产水溶性膳食纤维的关键功能基因挖掘（2023YFF1000802-6），2023-2028，主持

3、院士工作站项目，通江县食用菌科研合作项目（N5119212023000037），2023-2026， 联合体2主持

4、福建省科技农业引导性重点项目，木耳新资源“紫耳”开发及遗传特异性分析（2023N0055），2023-2026，合作单位主持

5、国家现代农业产业技术体系岗位科学家，毛木耳与草菇品种改良（CARS-20），2022-2025，主持

6、福建省科技重大专项专题，福建省特色优势食用菌工厂化专用品种及关键技术攻关（2022NZ029015），2022-2024，子专题1主持

7、校创新基金，银耳Tr01非对称异核基因组解析（KFb22039XA），2022-2025，主持

8、中央引导地方科技发展专项，银耳Tr21产孢稀少机理的基因组水平解析（2021L3006），2021-2023，主持

9、企业委托项目，银耳液体菌种熟化技术（KH210197A），2021-2022，主持

10、福建省科技特派员后补助项目，优质银耳品种培育及高产栽培技术示范（2021S2020），2018-2020，主持

11、国家自然科学基金面上项目，基于线粒体多态性的异质性银耳种质资源鉴别（31670021），2017-2020，主持

12、福州市农业局食用菌产业专项，食用菌微型家庭农场配套技术研发（2130106），2015-2015，主持

13、福建省自然科学基金，银耳与香灰菌互作关系的研究（2009J01059），2009-2012，主持

14、国家重点研发计划子项目，闽产高品质道地中药材灵芝、太子参规范化种植及精准扶贫示范研究（2019YFC1710500），2019-2021，参与；

15、福建省种业工程项目，木生型食用菌品种选育与产业化工程（fjzycxny2017010），2017-2020，参与；

16、福建省种业创新与产业化工程项目，优势食用菌育种攻关与产业化开发，2021-2025，参与。

1）Deng Y#., Guo L., Lin L., et al. Meiosis in an asymmetric dikaryotic genome of Tremella fuciformis Tr01 facilitates new chromosome formation[J]. Genome Biology (IF12.3), 2023, 24(1): 280.

2）Tong, Q., Yang, L., Zhang, J., Zhang, Y., Jiang, Y., Liu, X., & Deng, Y* . Comprehensive investigations of 2-phenylethanol production by the filamentous fungus Annulohypoxylon stygium. Applied Microbiology and Biotechnology, 2024, 108(1), 374.

3）Deng, Y^#., Wu, X., Wen, D., Huang, H., Chen, Y., Mukhtar, I., ... & Wen, Z.^* (2021). Intraspecific mitochondrial DNA comparison of mycopathogen Mycogone perniciosa provides insight into mitochondrial transfer RNA introns. Phytopathology®, 111(4), 639-648.

4）Wang, G^#., Wang, Y., Chen, L., Wang, H., Guo, L., Zhou, X., ...Deng,Y. *& Zhang, J.* (2021). Genetic structure and evolutionary diversity of mating-type (MAT) loci in Hypsizygus marmoreus. IMA fungus, 12(1), 1-16.

5）Liu, X.^#, Wu, X., Tan, H.*, Xie, B.*, & Deng, Y. *(2020). Large inverted repeats identified by intra-specific comparison of mitochondrial genomes provide insights into the evolution of Agrocybe aegerita. Computational and structural biotechnology journal, 18, 2424-2437.

6）Deng, Y.^#, Zhang, X., Xie, B., Lin, L., Hsiang, T., Lin, X., ... & Ming, R.^* (2020). Intra-specific comparison of mitochondrial genomes reveals host gene fragment exchange via intron mobility in Tremella fuciformis. BMC genomics, 21(1), 1-12.

7）Ye, L. Y. ^#, Deng, Y. J. ^#, Mukhtar, I., Meng, G. L., Song, Y. J., Cheng, B., ... & Wu, X. P. (2020). Mitochondrial genome and diverse inheritance patterns in Pleurotus pulmonarius. Journal of Microbiology, 58(2), 142-152.

8) Yan, J. J.#, Tong, Z. J., Liu, Y. Y., Li, Y. N., Zhao, C., Mukhtar, I., ... ,Deng, Y. J.*& Xie, B. G.* (2019). Comparative Transcriptomics of Flammulina filiformis suggests a high CO2 concentration inhibits early pileus expansion by decreasing cell division control pathways. International journal of molecular sciences, 20(23), 5923.

9）Deng, Y.^#, Hsiang, T., Li, S., Lin, L., Wang, Q., Chen, Q., ... & Ming, R.^* (2018). Comparison of the mitochondrial genome sequences of six Annulohypoxylon stygium isolates suggests short fragment insertions as a potential factor leading to larger genomic size. Frontiers in microbiology, 2079.

10) Zhang, J., Zhang, X., Tang, H., Zhang, Q., Hua, X., Ma, X., ..., Deng Y. ,…& Ming, R. (2018). Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, 50 (11), 1565-1573.(25/108)

11）Deng Y^#, Zhang Q, Ming R, et al. Analysis of the mitochondrial genome in Hypomyces aurantius reveals a novel twintron complex in fungi[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2016, 17(7).

12）Deng Y^#, van Peer A F, Lan F S, et al. Morphological and molecular analysis identifies the cohabitant fungus (Xianghui) of Tremella fuciformis as Annulohypoxylon stygium.[J]. International Journal of Medicinal Mushrooms, 2016, 18(3).

13）Deng Y^#, Huang X, Ruan B, et al.Optimal codons in Tremella fuciformis end in C/G, a strong difference with known Tremella species[J].World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2015, 31(11).

14) 林隆基#,黄海辰,钟馨林,李岳峰,钟长科,谢宝贵,明瑞光,邓优锦^*.银耳栽培菌株的线粒体内含子多态性分析[J].食用菌学报,2021,29(1):1-11

15）宋燕娇^#,林隆基,杨立志,吴小平,江玉姬,明瑞光,邓优锦^*.一株阴环炭团菌(香灰菌)转化子形态变异的成因[J].菌物学报,2019,38(12):2183-2194

1、新品种：银耳新品种‘Tr2016’（闽鉴菌2019004），2019，排名第一

2、新品种：真姬菇新品种 ‘农万真1号’（闽鉴菌2020001），2020，排名第一

3、新品种：真姬菇新品种‘农万真7号’（闽认菌2023004），2023，排名第一

4、新品种：杏鲍菇新品种‘成杏2015-6’（闽认菌2019003），2019，排名第二

5、新品种：金针菇新品种‘农万金15号’（闽认菌2023002），2023，排名第三

6、新品种：真姬菇新品种‘农万真6号’（闽认菌2023003），2023，排名第四

7、新品种：真姬菇新品种‘农万真3号’（闽认菌2022004），2022，排名第四

8、新品种：真姬菇新品种‘农万真4号’（闽认菌2022005），2022，排名第四

9、新品种：灵芝新品种‘芝102’（闽认菌2011003），2011，排名第五

10、发明专利：一种适用于香灰菌生物发酵合成2-苯乙醇的培养基（202011414356.1），2022，排名第一

11、发明专利：一种可以利用L-苯丙氨酸生物发酵合成2-苯乙醇的香灰菌株（ZL202011414575.X），2022，排名第一

12、软件著作权：食药用菌育种与栽培条件控制系统V1（2017SR309897），2017，排名第一

13、发明专利：利用分子标记技术鉴定猴头菇菌种猴王的方法（ZL201010539532.4），2012，排名第一

14、发明专利：利用分子标记技术鉴定茶树菇Ag·c0003的方法（201010543985.4），2010，排名第一

15、发明专利：一种灵芝杂交育种方法（ZL200810071773.3），2010，排名第三